Philippe Boutry (né en 1954) est un historien français, spécialiste du XIXe siècle et en particulier des questions religieuses.
Il a été membre puis directeur d’études à l’École française de Rome (1988-1994), directeur d’études à l’École des hautes études en sciences sociales (EHESS) au sein du Centre d’anthropologie religieuse européenne (CARE), professeur des universités en histoire contemporaine à l’université de Paris-XII Val-de-Marne à Créteil de 1994 à 2005, puis à l'Université Panthéon-Sorbonne à partir de 2005. Il enseigne également à l'Institut d'études politiques de Paris (Sciences Po), membre du Centre d'histoire du XIXe siècle (Paris 1- Paris 4) et directeur d'études au Centre d'anthropologie religieuse européenne (EHESS/CARE). Il est directeur de l'UFR d'histoire de l'université Paris I Panthéon-Sorbonne de 2008 à 2012.