Il a grandi dans une cité de la banlieue parisienne. Il rencontre le grand couturier allemand Karl Lagerfeld (1933-2019) pour la première fois à 15 ans, au domicile du créateur, où son beau-père l'avait emmené travailler.
Huit ans après cette rencontre, Sébastien Jondeau lui propose ses services, une proposition acceptée par le directeur artistique des maisons Chanel et Fendi.
Sébastien Jondeau a été garde du corps et assistant personnel de Karl Lagerfeld de 1999 jusqu'à la mort de ce dernier.
Il sera occasionnellement styliste pour la propre marque du couturier en 2018 où il crée une collection capsule homme de quelques pièces.
À travers son autobiographie, "Ça va, cher Karl ?" (2021), écrite avec l’autrice Virginie Mouzat, Sébastien Jondeau dévoile vingt ans de complicité avec l’immense couturier.