Biologiste de formation, Stéphane Schmitt a entrepris un DEA puis une thèse en histoire de la biologie sous la direction de Michel Morange. Ce travail, portant sur l'histoire des conceptions relatives à la répétition des parties chez les organismes vivants (de la fin du 18e s. à nos jours), l'a amené à étudier les transformations de disciplines biologiques telles que l'anatomie et l'embryologie au cours des deux derniers siècles. C'est sur la base d'un programme de recherche proposant un approfondissement de ces questions qu'il a été recruté au CNRS en 2002, dans une section scientifique (29).