Damien Pujol est membre de la délégation Centre du Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP), un service scientifique du Muséum national d'Histoire naturelle.
Il est chargé de mission flore et habitats (Mission Expertise Natura 2000 Sologne et connaissance des habitats) et responsable du partenariat avec la Direction régionale de l'Environnement (DIREN) Centre.