Non digéré, l'aliment (ou certaines de ses molécules mal déconstruites) reste dans notre corps comme un intrus, une anomalie dont notre organisme ne sait que faire. Il ne sait pas l'assimiler, c'est-à-dire en tirer des forces, ne sait comment gérer sa présence, c'est-à-dire l'accepter sans manifestation d'hostilité ou de rejet, et il ne sait pas davantage l'éliminer, puisque nos organes d'élimination ne sont pas programmés pour ces molécules anormales. Faute d'outils adaptés, le corps n'est plus correctement libéré des toxines qui le polluent. Certaines enzymes métaboliques, qui devraient œuvrer au bon fonctionnement de nos organes, peuvent alors être détournées de leur fonction pour aider la digestion. Délaissés, nos organes fatiguent, tandis que notre système immunitaire ne sait plus où donner de la tête. A tout cela peuvent être associées des maladies handicapantes comme la fibromyalgie, voire mortelles, à plus ou moins long terme, telles les maladies cardiaques.