Au début du XVIIe siècle, le "Temps des troubles" voit s'exacerber les luttes pour le pouvoir suprême, avec l'apparition de divers imposteurs, soutenus par différents clans et familles de boyards (nobles russes). En 1613, les boyards finissent par élire comme tsar le prince Mikhaïl Romanov, fondateur de la dynastie qui va régner sur la Russie jusqu'au début du XXe siècle.
Le "clocher englouti" de la cathédrale Saint-Nicolas (1796-1800) émerge encore à soixante-dix mètre au-dessus des eaux. Il est resté miraculeusement intact, quand une grande partie de l'antique cité de Kaliazine a été engloutie par la construction de la digue et de la retenue d'Ouglitch, dans les années 1930. A l'époque soviétique, les militaires parachutistes s'entraînaient en se jetant de la tour du clocher.