Historien d'art. - Conseiller pour le patrimoine à la mairie de Besançon (en 2009) conférencier, conservateur du château de Moncley.
Premier livre en 1978, Besançon au Siècle des Lumières.
Plus de cent textes suivront, ouvrages, catalogues d’expositions, contributions scientifiques.
En 1982, c’est l’incontournable Guide des maisons et des rues de Besançon, réédité en 1985, Prix national du meilleur guide. Beaucoup d’autres suivront, presque tous consacrés à Besançon, à l’architecture et à l’urbanisme, à ses collections muséographiques, à ses parcs et jardins, au XIII e siècle bien sûr, spécialité de Lionel Estavoyer, au passé et au présent du patrimoine de la capitale de la Franche-Comté. Trois d’entre eux ont été publiés en collaboration avec l’artiste Pierre Duc. Parmi les plus récents, Les maîtres de Moncley, préfacé par Jean des Cars raconte, au travers de l’étude d’un important fond d’archives familiales, les 700 ans de l’histoire d’une des plus prestigieuses demeures comtoises présentée dans ce livre.
Le prix Pergaud 2010 a été attribué ce lundi à Lionel Estavoyer pour son ouvrage « Demeures de Franche-Comté » publié aux Editions du Sekoya.