Né dans le département du Cher, Michel Aubrun commence sa carrière en tant que professeur de Lycée, au Lycée de Guéret. Il devient ensuite professeur à l'Université de Nancy. Il rejoindra plus tard l'Université de Blaise Pascal à Clermont-Ferrand, comme professeur d'Histoire Médiévale. Il sera reconnu plus tard comme spécialiste de l'histoire des paroisses et des ordres monastiques.