Parmi les nombreuses différences qui apparaissent aux auteurs entre ces formes de psychothérapie, la principale est le statut de la résistance, rejetée ds l'approche comportementale mais prévue dans l'approche stratégique et structurale. De surcroît, le thérapeute comportemental ne pense pas en termes de système, mais en termes de facteurs qui peuvent être hypothétisés et testés.