La question du diagnostic en paléopathologie est, de façon assez surprenante, le principal problème pour la discipline, comme le soulignait déjà le paléopathologiste britannique Don Brothwell en 1961. Ceci est dû à la spécificité du sujet étudié, qui regroupe un certain nombre de difficultés inconnues dans l'exercice du diagnostic médical, parmi lesquelles le caractère rétrospectif du diagnostic, l'utilisation de critères diagnostiques modernes, la rareté des lésions pathognomoniques (c'est-à-dire spécifiques d'une maladie donnée), la nature incomplète et dégradée du matériel biologique ancien.
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Il est destiné aux étudiants de master de différentes filières en sciences humaines, biologiques, médicales ou de l'environnement, désireux d'approfondir leurs connaissances dans le cadre de leur cursus ou simplement curieux de découvrir cette discipline particulière. Il est également destiné plus largement à tous ceux qui s'intéressent aux anciennes sciences du passé et de la santé.
Selon l'historien français François Bédarida, l'histoire " est tout ensemble analyse du passé, mise en perspective du présent et anticipation de l'avenir." La paléopathologie relève en ce sens de la même démarche que l'Histoire : elle analyse le passé des maladies, lequel lui permet tout à la fois de mieux comprendre leur présent et prévoir leur avenir.
La formation spécialisé en paléopathologie peut s'acquérir soit dans un domaine des sciences e la santé (médecine, odontologie, pharmacie, médecine vétérinaire) soit celui des sciences de la vie et de la terre, soit enfin celui des sciences archéologiques, beaucoup plus rarement dans les cursus histoire.
On dénombre en effet beaucoup de médecins parmi les fondateurs et les pionniers de la paléopathologie, que le sujet d'étude ait été humain ou animal. A ce propos, la paléopathologie animale, en relation avec la médecine vétérinaire n'a pas connu le développement de la paléopathologie humaine.
Pour finir sur une note d'humour anglais, pour le paléopathologiste britannique Tony Waldron : "Le processus de classification des maladies en paléopathologie n'est pas moins que de tenter de ce frayer un chemin à travers un champ de mines avec l'aide du soleil et d'une montre Mickey".