Diplômé en communication à l'Université du Massachusetts à Amherst, Stephen Murphy est un scénariste de bande dessinée.
Il est surtout connu pour son travail sur la série "Les Tortues Ninja" (Teenage Mutant Ninja Turtles) (sous le nom de Dean Clarrain). Il a changé le titre en "Teenage Mutant Ninja Turtles Adventures" pour Archie Comics à partir de n°5 en 1989.
Murphy a été staff writer sur la série télévisée d'animation "Les Tortues Ninja" en 2003.
Il est également scénariste de "Puma Blues" (1986-1989, 2015) et de l'"Umbra" (2006), dont il a été nominé pour le Harvey Award for Best Writer en 2007.