Il est l'un des accusés de l'affaire d'Outreau, une affaire pénale d'abus sexuel sur mineur.
Arrêté le 14 novembre 2001 à son domicile comme les 16 autres accusés, après le témoignage de 12 enfants victimes d'un vaste réseau de pédophilie dans la cité HLM de la tour du Renard à Outreau.
De maison d'arrêt en hôpital psychiatrique, de tentatives de suicide en grève de la faim, il a passé presque deux ans en détention provisoire pour des faits qu'il jure depuis toujours n'avoir pas commis.
Quand, au printemps 2004, le procès a lieu, enfin le ciel semble se dégager. Mais, malgré la pression médiatique sur les experts, qui ne peuvent faire correctement leur travail, les attaques invectives des avocats sur les enfants, dont un s'urine dessus en plein tribunal face à l'avocat Eric Dupont-Moretti, la débandade de l'enquête, il est condamné à dix-huit mois de prison avec sursis.
Le jeudi 1er décembre 2005, un verdict d'acquittement général pour l'ensemble des accusés est rendu par le jury.
Il est redevenu huissier en 2007 à Calais. Divorcé, il a refait sa vie.
Alain Marécaux publie en 2005 un livre, Chronique de mon erreur judiciaire, qui raconte l'histoire de son accusation .
L'ouvrage a été adapté en film sous le titre de Présumé Coupable (2011) réalisé par Vincent Garenq, où Alain Marécaux est interprété par Philippe Torreton.
Outreau m'a plongé dans les affres d'un précipice immonde, un précipice dont je suis aujourd'hui parvenu à m'extraire, mais sans pouvoir prétendre en guérir.