Enfin, en 1545, le concile convoqué par le pape Paul III se réunit à Trente. Il durera près de vingt ans et organisera la grande réforme de l'Église, mettant en place un catéchisme qui résume la doctrine du Concile et imposant aux évêques de résider dans leur diocèse et de le visiter. Les évêques de Viviers, Jean de l'Hôtel et Mgr de Suze, appliquèrent résolument la réforme du concile de Trente. Mais pour les protestants, cette réforme arrive trop tard. Trop de scandales ont éclaté, trop de sang a coulé, trop d'humiliations ont été subies.
En Vivarais, le succès du protestantisme sera dû pour une bonne part à l'état d'abandon spirituel dans lequel se trouvaient bon nombre de paroisses, et à la soif de la Parole de Dieu qui en résultait. Plusieurs paroisses demanderont des pasteurs à Genève ou enverront, à leurs frais, des candidats au ministère se former dans la ville de Calvin.
De leur côté, bon nombre de catholiques, tout en reconnaissant l'urgence d'une remise en ordre, ne veulent pas désespérer de l'Église. Les évêques ont essayé à plusieurs reprises de se réunir en concile, à Constance ou à Bâle, mais cette rencontre a eu lieu sans la présence du pape. Celui-ci se préoccupe davantage d'oeuvres d'art et de constructions de prestige, comme la basilique Saint-Pierre à Rome par exemple, que de la vie évangélique.
L'appât du gain règne aussi dans le haut clergé, où les fils des grandes familles de la noblesse ont été promus aux postes d'évêques ou d'abbés, en raison des revenus ou «bénéfices» qu'ils rapportent. Sous Henri IV, on voit des enfants de quatre ou six ans nommés évêques, car l'important, c'est d'avoir le poste et d'en percevoir les revenus.
Les protestants réclament donc le retour à la pureté et à la vérité de l'évangile et ils veulent mettre en place une véritable réforme de la religion. La Bible, qu'ils reconnaissent comme Parole de Dieu, est pour eux la seule autorité à laquelle l'intelligence doive se soumettre. Les «explications» ou «commentaires» que l'Église en donne à travers ses dogmes leur paraissent suspects. Ils n'ont plus confiance dans l'institution de l'Église, notamment dans sa hiérarchie, tant les désordres sont grands.
Lorsque Jean-François Régis vient au monde, la France est ravagée par une longue guerre qui dure depuis trente-cinq ans. Ce sont des luttes religieuses qui divisent les Français. D'un côté, les catholiques, de l'autre, les protestants. C'est pourquoi on a appelé ces conflits : guerres de religion.
Les protestants, à la suite de Luther et de Calvin, «protestent» contre le relâchement et les nombreux désordres qui règnent dans l'Église. La misère et l'ignorance sont grandes dans le clergé et dans les ordres religieux. Beaucoup y viennent non par vocation, mais pour échapper à une trop grande misère. Leur souci principal est de gagner leur vie et non de la perdre pour l'Évangile.