Gérard Le Bouëdec est professeur des universités de l'Université de Bretagne Sud, aujourd'hui, professeur émérite d'histoire maritime.
C'est un spécialiste reconnu de l'histoire des ports et des arsenaux français aux XVIIIe et XIXe siècles depuis sa thèse d'État, soutenue à l'Université de Paris-Sorbonne en 1993 : "Le port et l'arsenal de Lorient de la Compagnie des Indes à la Marine cuirassée, une reconversion réussie (XVllle-XIXe siècles)".
À côté de son activité de publication, il a dirigé de 1998 à 2011 à l'Université de Bretagne-Sud à Lorient une équipe de recherche spécialisée en histoire maritime : le laboratoire SOLITO devenu le laboratoire CERHIO (CNRS).
Il est le fondateur et l'animateur du Groupement d'intérêt scientifique (GIS) en histoire maritime, créé en 2005. Cette structure, regroupant 26 établissements d'enseignement supérieur français (soit une centaine de chercheurs et une vingtaine d'étrangers), fonctionne en convention avec le Centre national de la recherche scientifique (CNRS).