Ancien élève de l’École normale supérieure (Ulm), il est Agrégé de philosophie et Docteur d’État en philosophie.
De 1970 à 2001, a fait toute sa carrière universitaire à l’Université de Nantes où il a été successivement directeur d’U.F.R., Doyen de la Faculté des Lettres, Vice-président de l’Université.
Professeur émérite de l'Université de Nantes, il est spécialiste de la philosophie de langue anglaise.
Spécialiste de l'empirisme anglo-saxon, il est traducteur de Bacon, Locke et Hume. Il dirige les collections "Analyse et philosophie" et "Bibliothèque des philosophies" chez Vrin.
Il a notamment publié "Qu'est-ce que la causalité?" (Vrin, 1994) et "La philosophie empiriste de David Hume" (Vrin, 1992).
"Alzheimer. La vie, la mort, la reconnaissance", paru chez Vrin en 2015, est le compte-rendu des observations et des réflexions philosophiques de Michel Malherbe sur la maladie d’Alzheimer.
Alors que Descartes met en place l'appareil du doute en vue d'atteindre une vérité parfaitement assurée, et ainsi commence à philosopher, Hume s'établit dans le préjugé, s'y enfonce jusqu'à atteindre ce qui précède tout jugement, et rendre manifeste le fait que l'esprit se fie à une puissance naturelle de juger, qui est tendance et non point raison.
En vérité, la philosophie lui aurait rendu hommage [à Hume] sans mélange, s'il s'était comporté comme Socrate, qui eut le double mérite d'accorder les esprits et de ne rien écrire. Mais Hume a écrit.