Catherine de Médicis maintiendra, même après la fin des guerres d'Italie, des liens toujours étroits avec la Toscane et son jeu politique complexe - d'autant que la France n'hésite pas à s'attaquer à sa propre famille, en s'appuyant sur le fait que Catherine est l'héritière de la branche aînée des Médicis, plus légitime que les souverains en place. Catherine accueille volontiers d'anciens conspirateurs florentins dans le royaume de France, voire dans son entourage, ce qui la conduit à protester véhémentement quand les Médicis font assassiner, en France, ses protégés florentins.
Cette ombre portée de la politique florentine a suscité des accusations, des fantasmes, la légende noire d’une Catherine machiavélique, entourée de fidèles empoisonneurs. Mais elle a aussi façonné une approche une pouvoir, le sentiment de sa fragilité – voire l’institution que, parfois, un petit événement peut faire basculer le sens de l’histoire.
Certes, elle sait s'emparer d'attributs masculins (la chasse, la guerre). Mais il y a sans doute, dans la construction de la légende noire de Catherine de Médicis (empoisonneuse, sorcière, dégénérée), dans la détestation dont elle fut victime, de son vivant, une part de fantasme qui prête à une souveraine les instruments d'un sexe présumé faible, faute d'épée. Et, en retour, la légende noire de Catherine de Médicis, renforcée par celle, cinquante ans plus tard, de la régence de Marie de Médicis, a sans doute largement nourri une forme de méfiance du système politique français à l'encontre du pouvoir féminin. La Révolution française, en critiquant vertement la reine de France (Marie-Antoinette), embarque dans sa détestation la régente Catherine de Médicis, ce qui a peut-être facilité le maintien des femmes à l'écart de la vie publique.
En dédiant son ouvrage "Le Prince" à Laurent de Médicis, le Florentin Machiavel cherche avant tout à se faire pardonner son engagement dans l’épisode républicain qui, entre 1494 et 1512, chassa les Médicis du pouvoir. Double ironie de l’histoire : Machiavel offre son traité à un prince sans principauté, puisque Laurent de Médicis domine Florence sans être officiellement souverain ; et le même Machiavel espère le soutien d’un homme qui, quelques mois plus tard (1519), meurt sans autre héritier légitime qu’un bébé de quelques semaines, Catherine de Médicis.