Sacha, Ondine, Pierre et Pikachu partent à la chasse aux fossiles de Pokémon. La situation devient explosive quand la Team Rocket réveille accidentellement de méchants Pokémon préhistoriques… y compris un Ptéra volant! Au beau milieu de tous ces événements, Sacha découvre un mystérieux œuf de Pokémon. Renferme-t-il un Pokémon inconnu?