Marie Aynié est agrégée et docteur en histoire. Elle enseigne dans un lycée du Val-de-Marne.
Elle a soutenu, sous la direction de Patrick Cabanel (Université Toulouse-le Mirail), une thèse sur "les amis inconnus" du capitaine Dreyfus - ceux qui ont soutenu sa cause par leurs lettres et leurs pétitions notamment. Cette thèse sera publiée en janvier 2011.
Marie Aynié poursuit ses recherches sur l’histoire politique à la fin du XIXe siècle, notamment sur les formes de mobilisation et de manifestation de l’opinion, sur ses réactions et ses émotions face aux discours et aux représentations politiques.
Elle s’intéresse principalement à la construction de l’opinion, aux modes de mobilisation et à l’expression politique à la fin du XIXe siècle. Les Amis inconnus est son premier ouvrage aux Éditions Privat.