Pour les plantes rares ou protégées de notre région, les différents groupements végétaux rencontrés n'ont pas la même importance en termes de surface ou en termes d'habitat. Ainsi, les forêts qui représentent 42% de la surface franc-comtoise abritent moins de 10% des espèces répertoriées dans le présent ouvrage au contraire des tourbières et bas-marais dont la surface est très faible (5000ha) mais recèlent 16 % des plantes protégées ou rares.