Arago, l'empereur du mal, est apparu à Tokyo. Tout le quartier de Shinjuku est détruit. Les seuls capables de déjouer son ambition de conquérir le monde des humains sont les samouraïs de l'éternel.
Shû Lei Fang est l'un d'eux. Avec l'aide de Nasuti, la fille du professeur Yagyû, ils arrivent au mont Fuji, où ils font la rencontre de Ryô Sanada. Il est le descendant d'un célèbre clan de nonjas, et également celui qui peut revêtir Rekka, l'armure de feu.