Ces colonnes supportent une voûte sur croisée d'ogives qui s'élève à vingt-huit mètres de hauteur. Jaillissant du sommet de la colonne orientale, nervures, liernes et tiercerons composent la ramure d'un gigantesque palmier minéral.
Napoléon affecte l'édifice à l'armée. Des volumes importants de terre sont apportés en remblai pour mettre le plancher de l'église et le sol du cloître de plain-pied avec la voie publique. Dans la nef, deux planchers sont aménagés, permettant aux militaires de disposer de trois niveaux, celui du haut servant de grenier à foin, le médian de magasin de lits militaires, celui du bas d'écurie, tout comme la salle capitulaire.