La flottille de Bonaparte, qu'elle soit celle de 1801 ou de 1803, est composée d'une multitude de petits bâtiments de taille et formats très divers. Ces types de bateaux ne sont pas fréquents dans la marine française, plus habituée aux unités robustes et d'un fort tonnage.
Frégates et vaisseaux forment alors l'essentiel de la marine de guerre. Les petits bâtiments de flottille sont un ajout récent.
Dans une vision pérenne, l'Empire imaginé s'avère essentiellement terrestre tandis que le régime, fondé sur un Etat-nation où la population (au moins pour l'ancienne France proprement dite) s'identifie à son territoire, doit nécessairement compter avec un phénomène plus ou moins marqué de sanctuarisation. Napoléon, exerçant un pouvoir d'essence charismatique, ne peut donc faire l'impasse sur la protection côtière.
En premier lieu, la Marine offre une image duale reléguée à l'arrière-plan, elle prend part (mais pas seule) à la défense côtière, tandis que toute une partie de son activité est consacrée à préparer une éventuelle revanche.