Les scientifiques n'en sont pas toujours conscients mais une ontologie, c'est à dire un ensemble d'entités et de propriétés premières, est toujours présente dans les théories qu'ils développent et les programmes de recherche qui leur correspondent. Or, ces ontologies sont relatives et, à plusieurs reprises dans l'histoire des sciences, il a été nécessaire d'en changer. C'est le cas actuellement en biologie. Son ontologie présente, qui voit dans l'organisme son entité première, ne peut pas intégrer pleinement la variation aléatoire. Pour le faire, il faut la dépasser. (Et si le vivant était anarchique. p 31 et 32)
Les oscillations de [Thomas Hunt] Morgan entre la CCG (Conception Causale de la Génétique) et la CFG (Conception Faible de la Génétique) ne sont pas anecdotiques. Elles révèlent le défaut originel de la génétique : la projection d'un ordre sur le vivant. (p 79).
La coexistence de la CCG et de la CFG rend la génétique irréfutable car les généticiens passe d'un discours à l'autre selon les circonstances. Or, pour être scientifique une théorie devrait être réfutable. Sinon on considère habituellement qu'il s'agit d'un discours idéologique ou religieux. (p 81)
Les problèmes de la génétique viennent d'une ontologie essentialiste qui fige la vie en postulant qu'elle est à la fois en ordre et gouvernée par un principe d'ordre originaire. (p 42)
L'idée de l'ordre, pour ne pas dire l'obsession, entrave la compréhension du vivant. (Incipit de l'ouvrage, p13)