Jean-Jacques Kupiec

Un livre passionnant, à la croisée de la biologie et de la philosophie, une réflexion portant sur ces deux terrains à la fois sans vraiment biaiser l'un par l'autre. Une théorie originale (ontophylogenèse) qui remet en cause certaines idées "automatiques" dans le cadre du déterminisme biochimique ou cellulaire et de la genèse des individus. L'auteur s'attaque à la fois au déterminisme et à l'auto-organisation. Lui défend un certain nominalisme (moi un certain conceptualisme) mais l'idée d'appliquer la théorie de l'évolution à l'ontogenèse me semble vraiment pertinente. Je le conseille sincèrement, qu'on soit en accord sur la philosophie qui en découle ou non.

« Ni dieu ni gène, pour une autre théorie de l’hérédité » de Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo (00, Seuil Points, 240 p.)

Un bon premier tiers du livre rappelle les étapes importantes de l’histoire des sciences. Sont passé en revue Platon, Aristote et Porphyre, disciple de Plotin. On aboutit à un modèle de classement des êtres, très fixiste, qui se termine par la classification de Carl von Linné. D’où un système de nomenclature binominale dans lequel une espèce reçoit un nom latin constitué d’un substantif, le genre, et une épithète spécifique déterminant l’espèce. Puis viennent Buffon et Darwin. Le premier, outre qu’il crée le Jardin des Plantes, critique la classification de Linné, selon lui basée sur les fleurs. Il préfère s’intéresser à la faune. Pour cela il place le cheval avant le chien, non pas pour l’ordre alphabétique, mais par rapport à l’intérêt de l’animal pour l’homme. Darwin, lui part faire le tour du monde à bord du « Beagle ». En tant que géologue, il soutient Charles Lyell et James Hutton pour qui « le présent est la clé du passé ». Dans « L’origine des Espèces » traduit par Edmond Barbier (13, Ultraletters, 484 p.), il décrit l'évolution à partir d'une ascendance commune donnant lieu à la diversification des espèces naturelles. Après ce retour historique, on en arrive à des notions de base sur l’immunologie et l’ontogenèse, le développement des organismes.

Les concepts de l’évolution, tels qu’ils étaient encore au milieu du siècle, sont alors adaptés de Darwin. Un organisme vivant subit des petites modifications aléatoires et est soumis à un processus de sélection dont dépend son aptitude à vivre. C’est ainsi que le zèbre a des rayures pour se camoufler et que le melon a des côtes pour pouvoir être mangé en famille (ah non ça c’est de Bernardin de Saint Pierre dans « Etudes de la Nature »). Bref, le vivant évolue suivant une logique de survie.

Depuis, il y a eut la génétique moléculaire, le décodage du génome humain, le séquençage des gènes… On en arrive aux théories de Jacques Monod, puis de Henri Atlan sur le hasard durant la replication des gènes. Ce que proposent Kupiec et Sonigo, c’est qu’il n’existe nulle finalité, nulle forme préétablie ne guide le processus de réplication, sélection et amplification. Ce processus est essentiellement dû au hasard, du moins pour les gènes. C’était déjà la théorie de Richard Dawkins dans « Le Gène Egoïste », traduit par Nicolas Jones-Gorlin (03, Odile Jacob, 200 p.). Nous ne serions que des robots programmés à l'aveugle pour préserver les molécules égoïstes connues sous le nom de gènes. Ceci c’était avant que Dawkins ne sombre dans un athéïsme plus que radical avec « Pour en finir avec Dieu » (09, Tempus Perrin, 544 p.). Je me souviens de sa campagne d’affichage de bus londonien qui portaient l’inscription « Dieu n'existe probablement pas ».

Kupiec et Sonigo vont plus loin et appliquent ces concepts, non plus seulement aux gènes, mais aussi aux cellules et structures plus complexes. Ce qu’il y a d’intéressant dans leur démarche, c’est qu’ils ont pu associer à la fois des généticiens, modélisateurs et mathématiciens. Les expériences portent sur des cellules souches de sang de poulet (A. Richard et al., « Single-Cell-Based Analysis Highlights a Surge in Cell-to-Cell Molecular Variability Preceding Irreversible Commitment in a Differentiation Process », 2016, PLoS Biology, 14, e1002585), menées par Olivier Gandrillon à l’ENS Lyon. Ces cellules sont nourries pour se diviser en cellules filles qui se spécialisent en globules rouges qui transportent l’oxygène. On peut alors mesurer l’évolution du contenu en ARN dans chaque cellule fille. On a ainsi l’expression des gènes lors du processus. Sa variabilité augmente au début, de même que la taille des cellules. On met alors en évidence que ce résultat est «complètement compatible avec l’idée que la différenciation n’est pas un « simple programme » que toutes les cellules exécutent de manière identique, mais résulte d’un comportement dynamique du réseau moléculaire sous-jacent».