Deux Adorations des Mages de Botticelli sont postérieures à celle de Léonard : l'une était conservée récemment encore au Musée de l'Ermitage à Leningrad et on la fait généralement remonter, mais sans preuves, à l'époque du séjour de Botticelli à Rome; l'autre est l'Adoration inachevée des Uffizi. Toutes deux trahissent la connaissance du tableau de Léonard, ou tout au moins de quelque esquisse préparatoire.
La chute du duc de Milan, Ludovic le More, avait ramené à Florence Léonard de Vinci : il y était dès avril 1500, et pendant les six années où il en fit sa résidence habituelle, il eut mainte occasion de rencontrer son vieil ami Botticelli. Mais qu'y avait-il désormais de commun entre eux? Léonard ne pouvait plus s'intéresser aux querelles intestines de la République déchue, qui cherchait en vain à prolonger son agonie. Que valaient d'ailleurs les petites révolutions politiques au regard de l'immense révolution qui se faisait dans la pensée humaine et dont il était l'un des militants les plus actifs ?
Jusqu'à la fin de la vie de Laurent de Médicis, Botticelli ne manqua pas de commandes ou de missions officielles. C'est ainsi qu'il fut au nombre des « architectes » composant le jury chargé de juger le concours pour la façade de la cathédrale, le 5 janvier 1491. Qu'on ne s'étonne pas de le voir ranger dans cette catégorie : parmi les « architectes » convoqués en même temps que lui, il y avait des peintres, des sculpteurs, des menuisiers, des orfèvres et jusqu'au fifre de la Seigneurie. C'est que l'intérêt pour l architecture était général à Florence et que des hommes de professions bien différentes avaient en cette matière des connaissances qui dépassaient de beaucoup celles de simples dilettantes; aussi ne faut-il pas s "étonner de voir, non seulement un peintre comme Filippino Lippi, mais un chanoine et même le héraut de la Seigneurie proposer un modèle pour la façade de la cathédrale.
Dans presque toutes les biographies de Botticelli, la fin de sa carrière semble dominée par la figure sévère du grand prédicateur dominicain Jérôme Savonarole.
En vérité, leurs auteurs ne font que suivre Vasari, dont la vie de Botticelli, comme tant d'autres de ses vies, est moins une biographie dans le historique du sens mot qu'une moralité, et le thème de cette moralité est celui que Vasari reprenait le plus volontiers; la supériorité des parvenus de son espèce sur les bohèmes. Certes la vie de Botticelli n avait rien de recommandable aux yeux d'un arriviste vivant à une époque de pouvoir absolu et d intolérance religieuse : il n avait pas amassé assez d argent et s'était compromis vers la fin de sa vie avec un réformateur qui s'attaquait au chef de la religion chrétienne.
Il a appris la théorie de la perspective linéaire, mais il n'en a jamais été bien maître, et il garde la tendance à mettre une distance trop courte entre le spectateur et l'oeuvre, c'est-à-dire à exagérer la grandeur des avant-plans. Par endroits on retrouve dans son oeuvre la ligne ondulante et la grâce tendre des siennois. Tous ces éléments eurent leur importance dans l'éducation de Botticelli et nous en retrouverons des traces aux différents stades de sa carrière.