Durant plusieurs années, il a participé à de nombreux combats contre les Iroquois. En 1653, il démontre des qualités de chef et de fin stratège. Pour mieux protéger les habitants des environs des Trois-Rivières où il est commandant, il les regroupe auprès du fort. Ces derniers vont se distinguer brillamment en repoussant avec succès les attaques successives d’une bande de 600 Iroquois. Chose étonnante, après l’affrontement, il décide de sortir seul du fort pour aller discuter avec ces derniers. Doté d’une force communicative impressionnante, il réussit à leur imposer ses conditions. On découvre alors un homme respecté tant par ses compatriotes que par ses ennemis.
Dès son retour, il se met à l’oeuvre pour rédiger son Histoire Véritable et Naturelle… qu’il dédie à Colbert. C’est un prospectus de colonisation qu’il finit de composer le 8 octobre 1663 à Trois-Rivières. Dans l’avant-propos, il explicite les raisons qui l’ont motivé à écrire : renseigner le public français sur la colonie et intéresser tous ceux qui voudraient venir s’y établir. Il en profite pour répondre aux nombreuses questions qui lui furent posées sur la vie en Nouvelle-France. Il plaide, en outre, la protection du roi afin de mâter les Iroquois qui terrorisent le pays.
En 1661, la Nouvelle-France est en péril, on parle même de l’abandonner. L’expérience désastreuse de Dollard des Ormeaux au Long-Sault date à peine d’un an. Un nouveau gouverneur, le marquis Dubois-d’Avaugour, est arrivé à l’été dans la colonie. Il se rend compte rapidement de l’état désespéré dans laquelle elle se trouve. Après consultation des notables de la population, il confie à Pierre Boucher la mission d’aller plaider auprès du roi de France le soutien nécessaire à la préservation du pays.
Le 17 juillet 1662, date de son départ, Pierre Boucher s’embarque à La Rochelle avec 200 hommes, dont 100 soldats promis par le roi. Il arrive à Québec le 28 octobre après un long et pénible voyage pendant lequel périrent 60 de ses nouvelles recrues.