Pythagore postulait donc qu’il y a deux mondes, l’un physique et l’autre abstrait, les deux étant en interaction, et considérait le monde abstrait comme le meilleur des deux. Il croyait également au dualisme chez les hommes, affirmant que nous disposons non seulement de l’expérience des sens, mais aussi de capacités de raisonnement qui nous permettent d’acquérir une compréhension du monde abstrait. Le raisonnement était vu comme une fonction de l’âme, que les pythagoriciens disaient immortelle. Leur philosophie constitua l’un des premiers dualismes esprit-corps clairement définis dans l’histoire de la pensée occidentale.
L’animisme est l’attitude par laquelle on considère chaque élément de la nature comme étant vivant, et l’anthropomorphisme, celle par laquelle on leur attribue des qualités humaines. Les hommes ont d’abord tenté d’expliquer les phénomènes naturels en recourant à l’une et à l’autre. Ainsi, le ciel et la terre pouvaient être en colère ou sereins, tout comme un être humain. Les hommes ne faisaient alors aucune distinction entre les objets animés (vivants) et les objets inanimés, ni entre les choses matérielles et immatérielles.