Il a confiance en la miséricorde infinie de Dieu, parfois sans doute se remémore-t-il la terrible vision qu'un demi siècle plus tôt Jésus lui a accordé sur les prêtres :
" La vue de Jésus en proie à l'angoisse me causa une grande peine, et je voulus lui demander pourquoi il souffrait tant. Je n'eus aucune réponse. Mais son regard se porta sur ces prêtres ; peu après, horrifié et comme s'il était las de regarder, il détourna les yeux et les leva vers moi, et je vis à ma grande douleur deux larmes couler sur ses joues. Il s'éloigna de cette foule de prêtres avec une expression de dégoût sur le visage, s'écriant "Bouchers !" Et, se tournant vers moi, il me dit : "Mon fils, ne crois pas que mon agonie n'ait duré que trois heures, non : je serai en agonie jusqu'à la fin du monde à cause des âmes que j'ai le plus comblées. Pendant le temps de mon agonie, mon fils, il ne faut pas dormir. Mon âme est à la recherche de quelques gouttes de pitié humaine, mais hélas on me laisse seul sous le poids de l'indifférence. L'ingratitude et le sommeil de mes ministres rendent encore plus oppressante mon agonie.
Hélas, comme ils correspondent mal à mon amour ! Ce qui m'afflige le plus est qu'à leur indifférence il ajoutent le mépris et l'incrédulité. Que de fois n'ai-je été près de les foudroyer, si je n'en avais été retenu par les anges et les âmes éprises de moi... "
Ah, quelle épine acérée je sens au centre de mon esprit, qui me cause jour et nuit une torture d'amour ! Quelle souffrance aiguë j'expérimente aux extrémités et du côté du coeur, douleur qui me tient dans une continuelle défaillance ! Si douce que soit celle-ci, elle n'en est pas moins vivement douloureuse.
Au milieu d'un tel supplice, tout à la fois d'amour et de douleur, deux sentiments contraires se font jour : par le premier, je voudrais repousser de moi la douleur, tandis que l'autre me la fait désirer. Et la simple pensée de vivre durant quelques temps privé de ce martyre d'amour si douloureux me terrifie, m'épouvante, me fait agoniser.
... à son ami Giuseppe Orlando qui, peu après la stigmatisation, lui demandait s'il connaissait encore des apparitions et des sévices du démon, il avait répondu :
"Non, plus maintenant. Mais à présent débutent les persécutions qui me viendront des hommes."
Les auteurs ont distingué tantôt deux, tantôt six persécutions. En réalité, comme le souligne le cardinal Lercaro, jusqu'à sa mort Padre Pio connaîtra une persécution permanente - avec quelques phases plus violentes - et, qui plus est, de la part des membres de l'Église qui auraient dû le plus le soutenir :
"Ce qui l'affligea jusqu'au plus profond de lui-même, lui faisant connaître l'agonie du Sauveur au Jardin des Oliviers, ce ne fut pas tant qu'il pâtit pour l'Église - la lumière de la béatitude promise à ceux qui souffrent pour l'Évangile l'en eût réconforté -, mais qu'il pâtit par l'Église, par des hommes d'Église qui, dans la communauté que le Christ anime de son Esprit, rendant admirable le sacrement du salut, transposent la pesanteur de leurs misères, de leur avidité, de leurs ambitions, de leur mesquinerie et de leurs déviations."
Ce 20 septembre 1918, Padre Pio fut, par pure grâce de Dieu, rejoint au plus bas de son humanité par Celui vers lequel tout son être le portait depuis son jeune âge, Jésus crucifié.
L'impression dans sa chaire des plaies du Crucifié fut pour Padre Pio un choc d'autant plus rude qu'elle survint au profond de la nuit intérieure dans laquelle il était mené par la grâce divine, tantôt luttant pour recouvrer les forces qui lui permettraient d'aller plus avant, tantôt suppliant Dieu de le rappeler à lui.
Bien sûr, ces faits extraordinaires se savent, et d'autres aussi, qui se murmurent à mots couverts : des pilotes alliés, basés dans la région, affirment que, lors de raids aériens qu'ils effectuaient durant les derniers mois de la guerre, ils étaient empêchés de survoler le promontoire du Gargano par un moine qui apparaissait dans le ciel, les mains ensanglantées tendues en avant, comme pour leur interdire de larguer leurs bombes. Effectivement, si Foggia et d'autres villes des Pouilles ont subi des pilonnages répétés, pas un obus n'est tombé sur San Giovanni Rotondo. Quand les soldats des forces d'occupation viennent voir Padre Pio, plusieurs aviateurs reconnaissent en lui, "avec une absolue certitude", le moine aux mains blessées qui, dans le ciel, les retenait de bombarder la région.