Peu après Piranesi, Ponce, artiste français, relevait une série de plafonds de stuc maintenant détruits, et écrivait, vers 1789, que «plusieurs statues qui sont à la villa d'Esté, au palais Farnèse, chez le cardinal Albani et mille autres choses curieuses qu'on admire à Rome, ont été tirées de la villa impériale ».
De cette époque, on ne connaît sur la villa aucun travail ; ce n'est que sous Alexandre VI que Ligorio parle de colonnes transportées à Saint-Adrien de Tivoli où avait déjà existé un temple antique. Sous ce pontife, de 1535 à 1538, furent faites les premières trouvailles d'œuvres d'art que nous connaissions. Au théâtre du Sud, on trouva ainsi les huit Muses assises et Mnémosine; placées au Vatican par Léon X, d'après Bulgarini et Penna qui suivent Ligorio, elles sont actuellement à Madrid. Cependant Clarac, parlant de ces statues, n'est pas en mesure de dire en quel lieu elles furent découvertes.