Sur le plan génétique, deux individus khoi-san présentent davantage de différences l'un de l'autre que, par exemple, un Anglais et un Coréen. Cela est dû à l'ancienneté plus importante des populations de chasseurs-cueilleurs. Dans les groupes ancestraux, la variabilité est plus forte, concentrant le potentiel génétique d'une population homogénéisée depuis longtemps, alors que les populations d'origine plus récente sont les descendants de groupes restreints en individus, groupes par conséquent moins variés en potentiel génétique.