Grâce aux progrès du séquençage à haut débit, les biologistes ont aujourd'hui accès au génome entier des microorganismes (virus, bactéries, champignon, etc.) vivant dans l'intestin ou dans une poignée de terre. Il découvrent ainsi que le monde microbien est d'une immense diversité, mais aussi que les microorganismes ont une influence considérable sur le milieux et les organismes qu'ils colonisent. La microbiologie moderne dévoile un nouveau monde dont les quelques territoires déjà entraperçus changent notre vision du vivant, des écosystèmes et de notre propre corps. Bienvenue dans ce nouveau monde.
Avec les progrès de la biologie moléculaire, on s'aperçoit que l'arbre du vivant des microorganismes ressemble plutôt à vaste réseau. Cette vision bouleverse de nombreux champs de la biologie.