C'est donc essentiellement pour les églises et les couvents qu'il travaille, même si vers 1580, il réalise pour Philippe II le spectaculaire Martyre de saint-Maurice. Mais son iconographie est si peu respctueuse des préceptes de la Contre-Réforme que le roi, tout en admirant sa valeur, décide de l'accrocher dans la salle capitulaire, et non pas à l'intérieur de l'église de l'Escorial.