La doctrine et le symbolisme alchimique n'indiquent pas l'extinction (spirituelle) complète de l'individualité, telle qu'elle est proposée dans le concept hindou de moksha, le nirvana bouddhiste, le fanâ'u'l-fanâ'i soufique ou encore l'unio mystica ou deificatio chrétienne en son sens le plus élevé. Cela est dû à ce que l'alchimie, s'appuyant sur une perspective purement cosmologique, ne peut être qu'indirectement transposée dans le domaine méta-cosmique ou divin. Mais, comme elle peut représenter une étape dans l'acheminement vers le but suprême, elle a été néanmoins incorporée dans la gnose chrétienne et islamique. La transmutation alchimique amène l'élément central de la conscience humaine au contact direct de ce rayon divin qui attire irrésistiblement l'âme vers le haut et lui fait entrevoir le Royaume des Cieux.