L'équipe Kilo-Five, forces spéciales du SRN, est de nouveau chargée d'une mission d'une importance capitale : empêcher les Élites, autrefois dirigeants militaires du Covenant, de se regrouper et menacer à nouveau l'humanité. Mais ce qui devait n'être qu'une opération de routine va se transformer en tentative désespérée d'extraire un de leurs coéquipiers d'une guerre civile extraterrestre.