Pendant vingt ans à peu près, l'hypnotisme méprisé fut abandonné aux charlatans : quelques guérisseurs l'exploitaient encore en secret et plusieurs montreurs faisaient des exhibitions publiques de sujets plus ou moins réellement hypnotisés. Les hommes de science n'osaient plus s'occuper de l'hypnotisme : on le confondait avec le magnétisme animal de mauvaise réputation, on sentait vaguement que cette étude serait compliquée et difficile et pour ne pas s'avouer cette répugnance, on préférait répéter qu'une telle étude était rendue impossible par le danger perpétuel de la simulation ; on considérait comme admis que toutes les erreurs commises étaient dues à la faute des sujets et à leurs simulations de mauvaise foi.
Pour assurer le succès de l'hypnotisme et lui donner un rôle immédiatement pratique on essayait surtout de s'en servir pour déterminer l'anesthésie chirurgicale. Malheureusement la découverte de l'anesthésie par l'éther beaucoup plus facile et plus certaine vint porter un coup fatal à ces recherches. Un très petit nombre de travaux, comme le petit livre de Demarquay et Giraud Teulon furent encore publiés et vers 1865 la suggestion et l'hypnotisme semblèrent oubliés comme l'était le magnétisme animal lui-même.
Le magnétisme animal tout à fait déconsidéré en France depuis les jugements des Académies ne disparut cependant pas entièrement ; il se transforma peu à peu et donna naissance aux pratiques de la suggestion hypnotique.