Roman qui a créé une vive polémique notamment lors du Prix Ados d'Ille et Vilaine,
Les orphelins de Naja projette le lecteur au XXIIIe siècle : l'Organisation mondiale pour la protection de l'Enfance envoie des milliers d'enfants défavorisés (délinquants, enfants abandonnés, prostitués...) sur la planète Naja dans le cadre du projet « Terre saine de corps et d'esprit ». Cette planète, placée sous le contrôle de l'Église et de l'Armée, est sensée donner une seconde chance à ces enfants. Mais c'est sans compter sur les vastes réseaux de pédophilie qui ne tardent pas à se mettre en place sur Naja. Khisanna, héroïne de ce roman, appartient aux services secrets de l'Armée et a pour mission d'infiltrer les nombreux réseaux afin d'y mettre fin.
Les Orphelins de Naja, est un roman d'action très divertissant : peu épais, avec des chapitres extrêmement courts, des phrases concises, il est dynamique et impose un rythme trépidant à son lecteur. Il fait partie de ces romans qui ne se lisent que d'une seule traite tant on a envie d'en connaître le dénouement. C'est également un roman engagé qui tend à dénoncer certaines ignominies commises par les hommes, notamment les actes de pédophilie ou l'utilisation d'enfants à des fins guerrières (enfants-soldats). Mais Nathalie le Gendre sait parfaitement bien aborder ce problème avec tact et délicatesse : elle ne fait jamais de descriptions gratuites, glauques ou dérangeantes. Toutes les scènes susceptibles d'être relativement choquantes sont implicites. En tous les cas, rien dans cet ouvrage ne justifiait une quelconque censure.
Malgré le rythme entrainant des Orphelins de Naja, l'intrigue semble parfois un peu facile. En effet, l'auteure dénoue certaines situations par des coïncidences abracadabrantes qui manquent totalement de crédibilité. de plus, il est regrettable que l'univers de la planète Naja ne soit pas plus construit : il n'est à aucun moment vraiment décrit, on sait finalement peu de choses de cet endroit et on peut avoir du mal à s'y projeter. Les personnages, sont quant à eux, peu attachants, tant leur psychologie reste sommaire. Kishanna, l'héroïne du roman, aurait pu avoir une personnalité plus complexe au vu des nombreux traumatismes qu'elle a subi durant son existence. La fin est elle aussi assez décevante : après tant d'ignominies dénoncées, de lutte sans répit, tout finit bien, presque comme si rien ne s'était passé. Il semble que l'auteure ait voulu en dire beaucoup pour un roman aussi court et même les problématiques de fond, qui étaient très intéressantes, ne sont finalement qu'effleurées.